1．董事会
的重大问题并作出决策。内部控制的建立与实施对企业组织架构最直接的影响就是加大了董事会及其全体董事的责任，具体包括：科学选择经理层并对其实施有效监督；清晰了解企业内部控制的范围；就企业的最大风险承受度形成一致意见；及时知悉企业最重大的风险以及经理层是否恰当地予以应对。
2．审计委员会
审计委员会是董事会下设的专业委员会。内部控制建立与实施对审计委员会的人员构成、议事规则、报告机制等均有重要影响，要求审计委员会负责人及其成员必须具备相应的独立性、良好的职业操守和专业胜任能力。审计委员会在内部控制中的职责一般包括：审查企业内部控制的设计；监督内部控制有效实施；领导开展内部控制自我评价；与中介机构就内部控制审计和其他相关事宜进行沟通协调等。
3．监事会
监事会对董事会建立与实施内部控制进行监督。监事会监督不同于审计委员会对经理层的监督，是一种层次更高、独立性更强的再监督。监事会主席及其成员应当定期参加董事会及其审计委员会召开的涉及内部控制的会议，如对董事会及其审计委员会有关内部控制的决策持有异议，或认为董事会和经理层成员存在舞弊行为，还可提议召开独立的监事会议。
4．经理层
经理层负责组织领导企业内部控制的日常运行。经理作为企业经营管理活动的最高执行者，在内部控制建设过程中承担着重要责任，包括贯彻董事会及其审计委员会对内部控制的决策意见；为其他高级管理人员提供内部控制方面的指导和指引；定期与采购、生产、营销、财务、人事等主要职能部门和业务单元的负责人进行会谈，对他们控制风险的措施及效果进行督导和核查等。
5．内部控制部门
企业建立与实施内部控制，可以根据需要成立专门的内部控制工作团队，以项目组的形式运作；也可以成立内部控制专职机构（或岗位），专门负责内部控制在企业内部各部门间的组协调和日常性事务工作。内部控制部门的职责一般包括：制定内部控制手册并组织落实；确定各职能部门或业务单位对于内部控制的权利和义务；指导内部控制与其他经营计划和管理活动的整合；向董事会及其审计委员会或经理层报告内部控制建设进展情况和存在的问题等。
6．内部审计部门
内部审计部门在评价内部控制的有效性以及提出改进建议等方面起着关键作用。企业应当授予内部审计部门适当的权力以确保其独立地履行审计职责；对内部审计部门负责人的任免应当慎重；内部审计部门负责人与董事会或审计委员会应保持沟通；应当赋予内部审计部门追查异常情况的权力和提出处理处罚建议的权力。
7．财会部门
财会部门在保证与财务报告相关的内部控制有效性方面发挥着十分重要的作用。企业开展内部控制工作，要求财会部门不能将眼光仅仅局限于财务活动，而应贯穿企业经营管理的全过程，在制定发展战略、分析评估风险和作出决策等环节扮演好关键的助手和参谋角色。为此，企业经理层应当赋予财会部门负责人参与相应决策的权力，并支持和指导其关注经营管理的更广范畴。
8．其他职能部门
企业内部各职能部门（或业务单位）及其全体员工都应当在建立与实施内部控制过程中承担相应职责并发挥积极作用。例如，法律部门应当建立法律顾问制度和重大法律纠纷案件备案制度，做好法律宣传和解释工作，确保企业合法经营；人事部门应当建立举报人保护制度，确保投诉举机制有效性，并成为企业反舞的重要手段等。企业可以根据需要在各职能部门（或业务单位）内部设立内部控制岗位，专门负责与本部门相关的内部控制工作，并定期与内部控制职能部门进行沟通。企业经理层应当重视全体员工在内部控制中的作用，为员工反映诉求提供信息通道。
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