项目管理系统是项目管理中的重要组成部分，能够帮助企业或组织高效地管理项目，提高项目的成功率和成果质量。然而，项目管理系统在实际运用中也会遇到一些难题，下面是其中的几个主要难题：
1. 人员素质差异大：项目管理系统需要涉及到项目管理的各个层面，包括项目管理人员、开发人员、供应商、客户等，不同人员的素质差异较大，导致项目管理系统在实施过程中难以达到理想的效果。
2. 数据管理困难：项目管理系统需要收集、整理大量的项目数据，包括项目计划、进度、成本、质量、风险等数据，但这些数据往往来自于不同的来源，且数据质量难以保证，导致项目管理系统在数据管理方面存在困难。
3. 团队协作困难：项目管理系统需要跨部门、跨地域进行协作，但不同部门、不同地域的人员进行合作时，往往存在文化差异、语言障碍等困难，导致项目管理系统在团队协作方面存在困难。
4. 风险管理困难：项目管理系统需要对项目进行风险管理，但风险管理往往难以准确预测，导致项目管理系统在风险管理方面存在困难。
5. 系统集成困难：项目管理系统需要与其他系统进行集成，如ERP、CRM等，但不同系统的接口往往难以确定，导致项目管理系统在系统集成方面存在困难。
针对以上问题，企业或组织需要采取相应的措施，如加强人员素质培训、提高数据管理效率、加强团队协作、完善风险管理机制等，以解决项目管理系统在实际运用中的困难。同时，项目管理系统也需要不断地更新和完善，以适应不断变化的项目管理需求。
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