美国科学院理事会是科学院的最高管理机构，下设多个职能部门，包括：
科学院理事会。由科学院的公职人员与其他12名院士组成，是科学院内最高管理机关，负责制定各种决议文件和监管其他部门的重要事务，以及其他科学院相关事务。
执行委员会。由科学院院长、副院长、内务秘书、财务主管和另外3人的7名成员组成执行委员会，科学院院长与内务秘书分别任执行委员会主席与秘书。
财务委员会。财务委员会由科学院财务主管、院长以及院长指定的不超过6名的院士组成，负责科学院所有财务资源的管理和相关事务。
国家研究理事会。理事会的管理委员会成员包括：科学院院长、副院长、财务主管和3名科学院理事会的成员；工程院院长和4名工程院理事会的成员；医学院院长和1名医学院理事会的成员。理事会的执行委员会成员包括：科学院院长和2名科学院理事会的成员；工程院院长和1名工程院理事会的成员；医学院院长。
公职人员。美国科学院的公职人员有院长、副院长、内务秘书、外事秘书和财务主管各1名。
美国科学院按专业领域设有6个学团：物理学与数学、生命科学、工程与应用数学及物理学、医学、行为学与社会学、应用生物学与农业科学。然后在每一学团内再根据院士专业划分学部。现在共有31个学部。
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