一是统一认识困难，主观缺乏动力。一些党组织和个别党务工作者认为非公有制经济比重小、成份复杂、党员人数少、党组织建与不建、党员管与不管、党建工作抓与不抓关系不大、存在“无所谓”思想和“畏难”情绪。党建工作明推暗项、态度不积极、产生“排斥”心理，认为在激烈的市场竞争中，经营者以盈利为目的，特别是中小企业主最关注的是生存、发展需求，而不是政治需求。在本企业建立党组织，开展党的工作是一件费钱耗时的事情，开展组织活动会干扰生产经营，影响经济效益，因此很难自发地、主动地抓党建工作。
二是党员队伍不稳定，部分党员意识淡薄。非公有制经济组织的员工流动性比较大，党员数量时常变动，建立党组织的条件不稳定，一些党员长期脱离党的组织，党员意识淡薄，理想信念动摇，甚至不愿暴露党员身份，少数从业党员感到在非公有制经济组织中工作不稳定，党组织关系长期滞留在原单位，以致成为“挂名党员”、“口袋党员”，有的党员家在农村、工作关系不稳定，转移党组织关系比较难，不愿花费时间和精力去办理有关手续。
三是组织开展活动和发挥作用难。非公有制企业党组织没有活动场地，有活动场地的，条件较差;非公有制企业党组织党内活动有制度，但没有坚持;非公有制企业党组织内党员学习，党组织偶尔组织，但不能长期开展，主要靠党员自学，非公有制企业党组织召开民主生活会虽然经常召开，但很少开展批评与自我批评，加之非公企业党员流动性大，对党员的管理存在很大的漏洞。非公有制企业党员先锋模范作用发挥一般。
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